Japan is een eilandenrijk en bestaat uit de vier grote eilanden: Hokkaido, Honshu, Shikoku en Kyushu, die samen 98 procent van het grondgebied beslaan. Verder zijn er nog bijna 4000 kleine eilanden. De eilanden van Japan bestaan voor driekwart uit dichtbeboste bergen en heuvels. Het grootste deel van de bergen en bergkammen komt niet boven 2000 meter. Een uitzondering vormt het Hidagebergte ofwel de Japanse Alpen in Zuid-Honshu, dat gemiddeld 3000 meter hoog is.

Geologie van Japan: Japan heeft meer dan 240 vulkanen, waarvan er nog meer dan vijftig werkzaam zijn. Japan ligt op het raakvlak van drie geologische platen en is seismisch gezien het actiefste gebied ter wereld. Ieder jaar zijn er in Japan 7000 tot 8000 aardschokken. De meeste daarvan hebben zo'n geringe kracht dat men die nauwelijks voelt, maar soms kan een aardbeving grote schade veroorzaken zoals in 2011 toen als gevolg van een zeebeving de noordoostkust van het eiland Honshu zwaar werd beschadigd. Bij de bouw van gebouwen wordt overigens rekening gehouden met het gegeven dat zich regelmatig aardbevingen voordoen. Door de geothermale activiteit zijn er in heel Japan duizenden natuurlijke heetwaterbronnen ontstaan.