Meer dan de helft van Tadjikistan ligt op 3000 meter hoogte. In het midden van het land heb je de zuidelijke uitlopers van het Tian Shan en Pamir-gebergte. In deze bergketens zijn er een paar hoge pieken, zoals  Koh-i-Somoni (vroeger: Pik Kommunizma), 7495 meter hoog. De Fedchenko-gletsjer, 72 km lang, bestaat uit keihard pakijs bij de Koh-i-Somani. Het is een van de langste gletsjers ter wereld. De dikte is 800 meter. Het westelijk deel van het land bestaat uit laagvlakten. In het noorden wordt het land doorsneden door de ketens van Hissar, Zerafshan en Turkestan - uitlopers van het Tian Shan-gebergte die doorlopen naar Oezbekistan. De bergpieken met sneeuw zijn de bron van een veelheid van snelle stroompjes die uitmonden in de twee belangrijkste rivieren: de Syr Darya (Jaxartes rivier) en de Amu Darya, waarin twee Pamir rivieren samenkomen: de Vakhsh en de Pyanj.

Nationaal park in Tadjikistan: Het Tadjiek (Pamir) Nationale Park, opgericht in 1992, is het grootste van Centraal Azië. Het beslaat liefst 18 procent van het land. Maar er is geen geld voor personeel en natuurbehoud. Dit heeft ertoe bijgedragen dat in het oostelijk Pamir-gebergte het langzaam groeiende tersken struikgewas in een omtrek van 100 km van Murgab is verdwenen, waardoor woestijnvorming is ontstaan. Men probeert het probleem van de houtkap op te vangen door de introductie van zonne-ovens.