Het christendom komt het meest voor. Bijna 96% van de bevolking behoort tot de Oost-Orthodoxe kerk. Een deel van de orthodox gelovigen behoort tot het Patriarchaat van Boekarest (dat vier diocesen heeft), een ander, kleiner deel tot het Patriarchaat van Moskou en weer een ander deel tot het Patriarchaat van Kiev.

In de Sovjettijd beperkte de regering de activiteiten van de Orthodoxe kerk (en de andere religies). Priesters werden bestraft als ze de mis deden. Veel orthodoxe kerken en kloosters werden vernield of kregen een andere bestemming als warenhuis, school of bibliotheek. Heimelijk bleven veel gelovigen hun godsdienst belijden.

In de vroege jaren negentig werd er in Chisinau een synagoge geopend voor de zes joodse gemeenschappen van het land, er kwam een joodse hogeschool en in verschillende steden konden op middelbare scholen cursussen jodendom gevolgd worden. Op de universiteit van Chisinau kwam een afdeling joodse studies en voorts kwam er steun voor het Genootschap Joodse Cultuur.

Daarnaast zijn er kleine groepen die zich aangesloten hebben bij de Armeense Apostolische Kerk, de Zevende-dags Adventisten, de Baptisten, de Pinkstergemeente en de Molokanen (een Russisch Orthodoxe sekte).