Het merendeel van de bevolking in Noord-Macedonië is christelijk, behorend tot de Macedonisch-Orthodoxe Kerk (64% van de bevolking). Veel Slavische Macedoniërs, Serven en een aantal Roma vallen onder deze groep. Daarnaast zijn er enkele andere christelijke stromingen (3%) zoals katholiek (enkele Albanezen met Moeder Theresa als beroemd lid), evangelist of jehova. In Noord-Macedonië zijn zo’n 1000 kerken en kloosters te vinden waarvan 365 kerken in Ohrid. Deze stad heeft een kerk gebouwd voor elke dag van het jaar.

Noord-Macedonië heeft het op drie na hoogste percentage moslims in Europa (33%), na dat van Kosovo (96%), Albanië (59%) en Bosnië en Herzegovina (51%). De meeste moslims zijn Albanezen, Turken of Roma. Het resterende deel van de inwoners hangt een andere religie aan of is ongelovig.